Košarkaški klub Niš osnovan je 12. juna 1996. godine, istovremeno sa gašenjem nekadašnjeg muškog Studenta, koji je jedno vreme nosio ime sponzora Viner brokera, a onda je, pritisnut finansijskom dubiozom, prestao da postoji. Na njegovom „zgarištu” nastao je KK Niš, a osnivači novog kluba bili su Vladimir Đorđević, Mirjana Jovanović i Dragan Škuletić.
Pošto je krenuo iz početka, a iz Studenta je povukao samo mlađe pionire, Niš se prvih pet godina nije takmičio u seniorskoj konkurenciji, a onda je, u sezoni 2001/02 počeo iz Druge srpske lige, sa ekipom u kojoj su uglavnom igrali juniori Aca Mladenović i Krstić, te kadeti Gašić, Knežević i ostali… Nakon dve godine u „beton ligi”, uglavnom sa kadetima, Niš se plasirao u Prvu srpsku ligu u sezoni 2003/04. Taj prvi uspeh klubu su doneli Paligorić, Đorđević, Krstić, Miladinović, Jovanović i ostali, sa trenerom Đorđevićem na klupi.